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Soutenance de thèse de Guilhem Marre 24/09/20
Guilhem Marre
Soutenance de thèse le 24/09/2020 : "Développement de la photogrammétrie et d’analyses d’images associées pour le suivi d’habitats et de structures sous-marines."

Thésard : Guilhem Marre
Contact - Lieu d'accueil : 
Tél. : 
Organisme d'accueil : 
Directeur(trice) de thèse : Sandra Luque (INRAE).
Autre(s) encadrant(s) : 
Tuteur entreprise : 
Axe(s) Tetis concerné(s) :
École doctorale : 
Début - Fin :  ? - 24/09/2020

 

GMarre photogramRésumé : La Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin (2008) a étendu les efforts de conservation de la Directive Cadre sur l'Eau de 2000 au milieu marin, en engageant les pays européens à atteindre un bon état écologique de leurs masses d'eau côtières d'ici à 2020.
Il s'agit de suivre l'état des écosystèmes marins et de mettre en œuvre une gestion intégrée permettant une utilisation durable des ressources.
C'est dans ce contexte qu'Andromède Océanologie a développé des réseaux de suivis des deux habitats marins les plus riches et les plus sensibles de Méditerranée, les herbiers à posidonie et les récifs coralligènes, et s'est positionnée depuis plusieurs années sur le développement de méthodes innovantes pour l'étude des communautés benthiques.
La photogrammétrie, développée initialement pour mesurer des objets à partir de clichés pris depuis différents points de vue, a connu ces dernières années un essor avec l'évolution exponentielle de la puissance de calcul.
Elle permet désormais de reconstituer des paysages entiers en trois dimensions avec une incroyable précision.
Or la difficulté d'accès au monde sous-marin limite considérablement la capacité d'acquisition de données. La photogrammétrie pourrait donc permettre, à partir d'une acquisition très rapide sous l'eau, de reproduire, puis d'étudier et de suivre dans le temps un habitat complexe. 
L'objectif de cette thèse est de développer des méthodes basées sur la photogrammétrie et appliquées aux suivis écologiques en milieu marin. Elle répondra à trois objectifs principaux : l'amélioration et la standardisation de l'acquisition photographique pour la production des modèles 3D, le développement d'indicateurs basés sur les modèles (diversité et vitalité des récifs coralligènes, cartographie fine des herbiers à posidonie, ...), et enfin l'intégration de ces indicateurs aux suivis menés par la société.

Mots clés : Habitats marins - Reconstructions 3D - Reconnaissance d'images - Cartographie - Qualité écologique - Suivis.
Laurence Defrise 03/03/2020
Le 03/03/2020 à 14h00, soutenance de thèse de Laurence Defrise
Terres agricoles face à la ville : logiques et pratiques des agriculteurs dans le maintien des espaces agricoles à Antananarivo, Madagascar

14H 00 : Laurence Defrise, soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulée "Terres agricoles face à la ville : logiques et pratiques des agriculteurs dans le maintien des espaces agricoles à Antananarivo, Madagascar", encadré par Jean-Philippe Tonneau (UMR Tetis) (directeur de thèse) et co-encadré par Perrine Burnod (UMR Tetis) et Elodie Valette (UMR Innovation).
Il a été préparé à AgroParisTech (école doctorale ABIES) et à l'UMR Tetis, CIRAD.

Thésard : Laurence Defrise
Contact- Lieu d’accueil : AgroParisTech, rue Claude Bernard 16 Paris, amphithéâtre Tisserand
Tél. : 33 (0)4 67 55 86 15
Directeur(trice) de thèse : Jean-Philippe Tonneau, Perinne Burnod, Elodie Valette
Composition du jury :
Mme Laurence Roudart Université Libre de Bruxelles Rapportrice
♦ 
M. Eric Leonard IRD Rapporteur Mme Monique Poulot Moreau Université de Paris Ouest Présidente de jury M.
♦ 
Christophe Soulard INRA Examinateur
♦ 
Mme Josélyne Ramamonjisoa Université d’Antananarivo Examinatrice

Résumé : En Afrique, les agglomérations urbaines ont les taux de croissance les plus élevés du monde. Elles accueilleront 64 % de la population du continent en 2050. Les villes s’étendent et font pression sur les espaces agricoles qui les entourent et qui, aussi, les alimentent.En conséquence, les espaces agricoles, souvent présentés comme des réserves foncières pour l’extension des villes, sont le lieu de forte compétition entre usages.
Cette concurrence parfois aiguë pour l’accès à la terre conduit à de nouveaux rapports de force entre acteurs de l’agricole et acteurs de l’urbain. Dans des contextes de pluralité des droits sur la terre, se pose la question des moyens dont disposent les agriculteurs pour sécuriser leur accès aux facteurs de production et éviter leur dépossession foncière. Dans cette double perspective, l’analyse de l’incidence de l’avancée urbaine sur les usages des sols et sur la répartition des droits sur la terre est essentielle tant pour planifier les villes futures que pour sécuriser les droits à la terre des citoyens.
Antananarivo, capitale de Madagascar constitue un cas d’étude du renouvellement des relations entre urbain et agricole dans une ville en extension rapide. L’agriculture y est au cœur du système urbain. Source d’aliments pour les urbains, elle représente une activité économique clé pour un tiers des ménages et joue un rôle majeur dans la protection de la ville contre les inondations. Mais elle évolue vite du fait d’une croissance démographique rapide, de l’arrivée massive de jeunes sur le marché de l’emploi, du renforcement des inégalités socio-économiques et d’une forte instabilité (politique, climatique, budgétaire).
Pour analyser ces évolutions, la thèse s’inscrit dans une démarche de recherche-action pluridisciplinaire. Elle appréhende les recompositions plurielles du foncier agricole dans l’aire urbaine d’Antananarivo : recompositions spatiales, sociales et juridiques. Elle mobilise des concepts et méthodes issus de la géographie – discipline principale de la thèse - mais aussi de l’agronomie et de l’économie. Les analyses spatiales montrent que l’agriculture ne fait pas que disparaître face à la ville ; elle se maintient et se transforme au contact de l’urbain.
Les analyses qualitatives et quantitatives reposant sur des entretiens auprès des ménages indiquent que les agriculteurs urbains détiennent encore des terres agricoles en 2017, mais sur de très petites surfaces et qu’ils sont soumis à une forte pression foncière. L’absence de mesures d’accompagnement à cette agriculture urbaine et le manque de reconnaissance des droits des ménages agricoles pourraient contribuer à une déprise rapide des activités agricoles avec des impacts notables pour la ville en termes d’approvisionnement alimentaire, de protection contre les inondations et de renforcement des inégalités socio-foncières.
Ces résultats invitent à discuter des orientations futures de la planification urbaine et de la réforme foncière afin de tenir compte des enjeux agri-urbains.

Mots-clés : Agriculture urbaine, systèmes fonciers, Antananarivo, analyses spatiales, sécurisation foncière, politiques foncières.
 

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Ruth Kerry

Conférence invitée, Ruth Kerry, le 27/11/2018, à Montpellier.

  Inscription pour assister à la conférence (la présentation sera en anglais)
 Campus Lavalette, AgroParisTech, salle Amazone (accès au site – 648 Rue Jean François Breton à Montpellier)

Conférence de Ruth Kerry

10h : Introduction par Véronique Bellon-Maurel, #DigitAg
10h30-11h30 : Conférence “L’analyse spatiale au service de la gestion des ressources naturelles” par Dr Ruth Kerry, Brigham Young University’s (Utah, USA) Ruth Kerry est diplômée l’Université d’Oxford (premier cycle en géographie physique) et l’Université de Reading, Royaume-Uni (Master of Science Analyse spatiale des sols et évaluation des terres). Son sujet de doctorat, sous la direction du professeur Margaret Oliver, portait sur l’étude des méthodes géostatistiques pour la cartographie des sols en agriculture de précision. En 2004, elle a rejoint le département de géographie de la Brigham Young University (Utah, USA), choisissant d’enseigner et de faire des recherches à temps partiel tout en s’occupant de ses cinq enfants. Ses principaux domaines de recherche portent sur l’application des méthodes géostatistiques à la cartographie des sols. Au sein du département de géographie, son champ d’application s’est élargi, des sols et des problèmes agricoles et environnementaux à des études en géographie du crime et de la santé. Ses recherches ont bénéficié du partage des techniques entre la géographie humaine et la géographie physique. Elle a édité un double numéro spécial d’Analyse Géographique sur l’application des méthodes géostatistiques en géographie humaine et en géographie physique. Actuellement, elle est, pour la deuxième fois, rédactrice en chef d’un numéro spécial de Precision Agriculture. En parallèle elle coordonne un ouvrage chez Springer sur les approches sensorielles de l’agriculture de précision.
Projets & publications : https://www.researchgate.net/profile/Ruth_Kerry

Résumé : La création d’une carte précise de tout phénomène naturel pour gérer une ressource particulière nécessite la collecte et l’analyse d’échantillons du phénomène d’intérêt, ce qui est coûteux. Il existe maintenant de nombreux capteurs et données de télédétection qui fournissent des données spatiales denses liées à une gamme de caractéristiques environnementales, mais celles-ci ont toujours besoin d’être vérifiés ou calibrées avant de pouvoir être utilisées pour déduire un phénomène donné.
Cette vérification et cet étalonnage sur le terrain exigent des recherches universitaires pour déterminer les méthodes de détection et les techniques d’analyse des données les plus appropriées. Le sol est une ressource naturelle clé qui doit être gérée de manière appropriée afin que sa qualité ne soit pas dégradée et qu’il puisse soutenir la production agricole future.
Lors d’ECPA 2017, conférence européenne pour l’agriculture de précision, l’un des orateurs de la plénière, un agriculteur pratiquant l’agriculture de précision depuis 20 ans, a déclaré que le problème de la cartographie abordable mais précise des propriétés des sols pour l’agriculture de précision n’avait pas été résolu. Au cours de ce séminaire, un certain nombre d’études de cas montrant des méthodes plus rentables de cartographie des sols utilisant des données captées seront présentées. Les études de cas couvrent une gamme d’échelles spatiales et d’applications pour la cartographie.
Il est montré que de nombreux problèmes liés à la cartographie précise des sols ont été résolus, mais qu’il existe un grand besoin de logiciels d’aide à la décision pour combler le fossé entre la recherche universitaire et les agriculteurs/agronomistes. De tels logiciels devraient être capables d’analyser automatiquement mais intelligemment les données pour l’agriculteur.
Un schéma qui pourrait servir de point de départ pour le traitement automatique des données pédologiques pour l’agriculture de précision sera discuté et de nouvelles approches d’autres disciplines qui pourraient résoudre d’autres problèmes en agriculture de précision seront présentées.

 

 

 

 

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Camille JAHEL
Camille JAHEL, permanent Cirad, auparavant en affectation au Sénégal (ISRA/BAME)
depuis février 2018, a rejoint Montpellier le 16/03/2020 – Equipe AMOS.

 

 

PREAU Clémentine
PREAU Clémentine, (CDD Inrae) du 01/03/2020 au 31/05/2021.
Encadrant : Sandra LUQUE – Equipe ATTOS – Projet Spirit 
Sujet : modélisation spatialise des espèces et sa connectivité a différents échelles

 

 

THOMAS Ronan
THOMAS Ronan, (stagiaire Inrae) du 01/03/2020 au 31/08/2020
Encadrant : Samuel Alleaume – Equipe ATTOS – Projet TOSCA Parcelle 
Sujet : "Classification de milieux naturels à partir de séries temporelles Sentinel-2 et d’images THRS Spot-6 en utilisant la chaîne IOTA2 - localisé au CESBIO Toulouse".

 

ERRAJI Ahmed
ERRAJI Ahmed(stagiaire Inrae) du 15/03/2020 au 15/09/2020.
Encadrant : Jennifer Amsallem – Equipe USIG – Projet AFB
Sujet : Caractérisation de la pollution lumineuse pour la cartographie de la Trame noire

 

CIOTOLA Matteo
CIOTOLA Matteo, (stagiaire Cirad) du 09/03/2020 au 09/09/2020.
Encadrant : Raffaele Gaetano – Equipe ATTOS
Projet TOSCA Parcelle - Classification données Sentinel Theia - Développement d'algorithmes basés sur l'apprentissage profond pour fusion et classification de données Sentinel 1 et 2 - Contribution à plateforme IOTA2

 

BORDERON Augustin
BORDERON Augustin (stagiaire Inrae) du 15/03/2020 au 15/09/2020.
Encadrant : Dino Ienco – Equipe SISO – Projet NUMALIS
Sujet : "Evaluation de la robustesse des méthodes d’apprentissage profond par à rapport au bruit de type nuage dans la classification d’imagerie satellitaire".

 

GRADELER Marie
GRADELER Marie, (stagiaire AgroParisTech) du 23/03/2020 au 30/09/2020.
Encadrant : Jean-Pierre Chery – Equipe USIG – Projet RestEAUr’Lag
Sujet : "Cartographie de l'évolution sur le temps long de l'environnement et des aménagements d’espaces littoraux méditerranéens".

 

CADEAU RUSHIGIRA Felly
CADEAU RUSHIGIRA Felly, (thésard accueilli Cirad) du 02/03/2020 au 02/08/2020..
Encadrant : Patricio Mendez Del Villar – Equipe USIG – Projet CRP RICE 2018
Sujet : "Promotion des NTIC dans la gouvernance de la chaine de valeur riz dans la plaine de la Ruzizi (RDC-Burundi)".

 

CISSE Abdoulaye
CISSE Abdoulaye, (stagiaire Cirad) du 20/04/2020 au 20/10/2020.
Encadrants : Mathieu Roche, Roberto Interdonato – Projet Digitag
Sujet : "Acquisition et analyse de transcriptions de vidéos Youtube - problématique de la sécurité alimentaire en Afrique de l’Ouest".

 

Nicolas Dubos

Nicolas Dubos est l'auteur d'une thèse sur l'influence du climat sur la taille corporelle des passereaux Français. 

Nicolas Dubos rappe sur l'influence du climat sur la taille corporelle des passereaux Français.

A la suite du concours international de vulgarisation scientifique "Ma thèse en 180 secondes" il a proposé une nouvelle version musicale de son sujet à travers une courte vidéo de vulgarisation scientifique en rap ouvrant le sujet à tous les publics, notamment les plus jeunes.

"Face aux changements climatiques, les espèces montrent des modifications de leur répartition, leurs périodes d’activités, leur comportement. Plus récemment, les changements de tailles ont été identifié comme une réponse majeure, pouvant modifier la capacité de résilience des espèces face ces changements.
J’ai étudié les effets des anomalies environnementales sur la taille des oiseaux communs en France entre 2000 et 2014.
En France, le changement climatique devrait influencer la taille corporelle au travers d’effets indirects sur la production des écosystèmes, et la disponibilité alimentaire : toutes les espèces produisent de plus grands juvéniles les années à forte production primaire, et donc à forte quantité de nourriture disponible. J’ai trouvé que la contrainte thermique influençant la croissance corporelle des jeunes varie selon la région climatique : les années chaudes, les juvéniles deviendront plus petits uniquement dans les régions chaudes, et plus grands uniquement dans les régions les plus froides.
Les années à faible production de juvéniles, je trouve un compromis observable à l’échelle de la population entre nombre et taille des jeunes pour les espèces spécialistes d’habitat. Cette thèse a permis une avancée dans la compréhension des mécanismes sous-jacents des réponses des espèces face aux changements globaux."



 
Thèse 180 secondes en RAP

Marie Soret, arrivée en Septembre 2020

Marie Soret : Nouvelle doctorante

"J’intègre l’équipe USIG en souhaitant contribuer davantage à des projets liés à la géomatique et à la valorisation des données scientifiques à travers des observatoires et des outils".


Marie Soret : Nouvelle doctorante
 soret marie2"J’intègre l’équipe USIG en souhaitant contribuer davantage à des projets liés à la géomatique et à la valorisation des données scientifiques à travers des observatoires et des outils".
Je suis thèse CIFRE encadrée au laboratoire par Sandra Luque (directrice de thèse) et Maxime Lenormand et dans l'entreprise TerrOïko par Sylvain Moulherat.
Le sujet de ma thèse est "Optimisation quantitative et fonctionnelle de la séquence Eviter-Réduire-Compenser" et vise à évaluer les pertes et les gains de biodiversité lors de travaux d'aménagement du territoire afin de proposer des mesures de compensation qui assure la non perte nette de biodiversité.

Pour en savoir plus 

Arrivée de Cyrille Cornu
Cyrille Cornu :

Chercheur au Cirad depuis 2002, je rentre d’un séjour de dix ans à Madagascar où j’ai travaillé les sept premières années au sein du dispositif de recherche et d'enseignement en partenariat Forêts et Biodiversité pour y mener des recherches articulant information spatiale & biodiversité.

dourdainCes activités avaient pour objectif, entre autres, de caractériser l’écologie des espèces de baobabs endémiques de l’île. Elles ont permis d’améliorer les données de présence des espèces concernées à l’aide de techniques de photo-interprétation d’images satellitaires à THRS et de façon générale de renforcer nos connaissances sur leur écologie. Ces travaux ont fait l’objet de plusieurs publications dont un article dans la revue Biological Conservation proposant de nouvelles priorités de conservation des baobabs tenant compte de leur vulnérabilité face au changement climatique et de l’efficacité du réseau actuel d'aires protégées.
En 2015, je me suis essayé à la réalisation d’un film documentaire avec « Baobabs entre Terre et Mer » qui a été primé à plusieurs reprises. Vous l’avez peut-être découvert cet été sur la chaine France Ô. Fort de cette expérience dans le monde de l’audiovisuel, j’ai décidé de quitter mon poste de chercheur trois années pour me lancer dans la réalisation d’une série documentaire plus ambitieuse portant toujours sur le même sujet, les baobabs de Madagascar.
En parallèle nous publions avec Griotte, une artiste peintre de La Réunion, un carnet de voyage intitulé « Chez les creuseurs de baobabs » dont la sortie en librairie est prévue le 17 septembre prochain.
Mon retour à TETIS et plus généralement au CIRAD sera, je l’espère, l’occasion de tisser de belles collaborations et de mettre à profit ces nouvelles expériences dans le domaine de la vulgarisation scientifique.

CYRILLE Cornu 3

Aurélie Dourdain

Aurélie Dourdain : 

Ma carrière professionnelle au CIRAD a démarré en 2013 au poste de « logisticienne et responsable technique de la station de Paracou » et de « géomaticienne » pour l’UMR « Ecologie des Forets Guyanaises» en Guyane Française.

Aurélie Dourdain : 
 soret marie2Ma carrière professionnelle au CIRAD a démarré en 2013 au poste de « logisticienne et responsable technique de la station de Paracou » et de « géomaticienne » pour l’UMR « Ecologie des Forets Guyanaises» en Guyane Française.
Mes compétences initiales sont la base de données et les systèmes d’information géographique.
Mon poste en Guyane m’a permis de couvrir des missions transversales : telles que la gestion technique de la station scientifique, la supervision de l’équipe forestière, le pilotage d’inventaires forestiers via des développements d’outils et diverses conduites de projets.
J’ai poursuivi ma montée en compétences à travers le mastère SILAT (UMR TETIS) en 2017. Cette formation s’associait à une envie de valoriser et de développer les activités de recherche de Paracou.
J’ai notamment créé une application web pour promouvoir et exposer au grand public ces données.
Ce système d’information est aujourd’hui disponible sur une plateforme internet diffusant l’information à travers plusieurs modules (site web, atlas cartographique, accès aux données dendrométriques) en OpenSource : https://paracou.cirad.fr/. 
Aujourd’hui, j’intègre l’équipe USIG (UMR TETIS) en souhaitant contribuer davantage à des projets liés à la géomatique et à la valorisation des données scientifiques à travers des observatoires et des outils.

Départ de Sophie Fortuno

Sophie Fortuno quitte Tetis pour rejoindre la Direction générale déléguée à la recherche et à la stratégie du Cirad (DGDRS) au poste de Chargée de mission pour la science ouverte et les données de la recherche.

sophie fortuno
Sophie Fortuno
quitte Tetis pour rejoindre la Direction générale déléguée à la recherche et à la stratégie du Cirad (DGDRS) au poste de Chargée de mission pour la science ouverte et les données de la recherche.
Cette nouvelle mission s'inscrit dans la continuité des travaux engagés par le groupe de travail Patrimoine Numérique Scientifique du Cirad sur la capitalisation et la valorisation des données de recherche.